Además, según Juan Jesús Alarcón, coordinador de Ecologistas en Acción en Mijas, el Puerto Deportivo ejercería un efecto barrera que supone una consecuencia irreparable para el medio ambiente y para la conservación de la biodiversidad del enclave.

La falta de atraques es precisamente la razón que expone la Junta de Andalucía para la construcción del puerto aunque, según Ecologistas en Acción, con la reciente ampliación del Puerto de Fuengirola no existe tal demanda. Por ello, la organización ecologista pide que prevalezcan los intereses medio ambientales por encima de los económicos.

El Puerto de Mijas se situaría en un fondo marino de gran biodiversidad en la que coexisten especies europeas, africanas, atlánticas y mediterráneas. Por ello, Ecologistas en acción pide que se respete este ecosistema único en Europa. Hasta el momento, las administraciones no han querido contestar a estas acusaciones.